Desde otoño de 1996, los quesos Appenzeller® también se elaboran con leche biológica (conforme a las normativas Bio-Suisse). No existe ninguna diferencia de sabor respecto al Appenzeller® suave-aromático que ha sido almacenado durante el mismo tiempo. Por fuera, se diferencia por el estampado de la corteza (BIO) y la etiqueta especial BIO.